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拒稿原因竟是“方法”部分不够详细完整?你需要这份清单

内容梗概

对于一篇论文来说,具有创新性的实验结果和突出科研意义的讨论固然重要,但“材料与方法(Materials and Methods)”部分的完整性,关乎实验的可重复性,对论文的发表也至关重要。论文被拒稿的常见原因之一就是“方法”部分不够详细完整或缺少细节信息。本文是一些关于如何将论文的“材料与方法”部分撰写完整的建议。

科研人员在探索新的研究项目时,往往都会将其建立在已有的研究基础之上,并参考相应的研究报道。

此时,如果发现在这些论文中,“材料与方法(Materials and Methods)”部分的细节严重缺失,将导致研究人员难以据此对实验进行重复,更别提重现已有的实验结果,这无疑非常令人沮丧——既造成时间和精力的浪费,同时更有可能导致对已有实验结果可重复性的质疑。

对于一篇论文来说,具有创新性的实验结果和突出科研意义的讨论固然重要,但“材料与方法(Materials and Methods)”部分的完整性,关乎实验的可重复性,对论文的发表也至关重要。论文被拒稿的常见原因之一就是“方法”部分不够详细完整或缺少细节信息。 可重复性低是科学研究的主要危机之一 [1]。

本文将讨论作者应如何在“材料与方法”部分提供充足且必要的信息,以帮助其他研究人员在有需要时重复相关研究。此外,适当添加充分的方法学细节也有助于读者准确理解相关结果在什么条件下适用。这可以让其他科研人员不必花费大量的时间和精力去重复已有的实验结果,从而推动科学更快地向前发展。

1. 细胞系

值得注意的是,真核细胞系应被视作一种模式生物体;也就是说,如果使用得当,它们应该通过重复实验产生可重复的结果。这有助于其他人以你的结果为基础,但为了实现这一点,你的“材料与方法”部分中必须包括重要的相关细节。

首先,必须明确指出细胞系的来源:

如果该来源是商业性的,或者是从ATCC(American Type Culture Collection,美国模式培养物集存库)获得的细胞系,那么相应地,提供制造商的目录号(例如,C505003,指ThermoFisher的TOP10细胞 [2])或研究资源识别码(Research Resource Identifier [3])是很有帮助的;

如果细胞是从其他实验室借来的,则应列出主要研究者的名字;

如果是自己制备产生的细胞系,则应在稿件中明确描述制备方法。

除了细胞的来源,还应描述你是否以及如何验证了你的细胞。 细胞系污染是很常见的,而且会极大地影响实验结果 [4],所以需定期对细胞进行鉴定。除了鉴定,还应定期对细胞系进行支原体检测, 那么也应在“方法”部分包括该检测结果。

2. 研究动物

无论使用的是小鼠、羊、猴还是果蝇,研究动物都应被视为对研究的可重复性至关重要。为了使你的研究能够被解释和重复,你需要详尽准确地描述所使用的动物:

除了物种和品系(如C57Bl/6小鼠)之外,还应描述动物的来源(如果是通过商业途径获得,则要有标识符),以及所用动物的年龄和性别;

如果动物是饲养于你所在研究机构的特定设施中,则应描述其位置、设备、食物、光照/黑暗周期以及有关动物饲养方式的其他信息;

如果动物是在任何时候从野外获得的,则应描述它们是如何被捕获和运输的;

最后,对于所有的动物,应描述实验结束的方案(例如,动物是被予以安乐死,还是为其他实验而保留,或者被释放,等等)。

3. 植物和野外样品

与研究动物类似,从野外获得的植物和样品(如池塘里的水或水稻)也必须被清楚地描述。适当时应描述物种和菌种及其来源,并提供充足的信息。对于从野外获得的样品,也应描述其许可。同样,应尽可能全面地描述饲养参数和储存条件, 因为它们可能会影响研究结果。

4. 试剂和仪器设备

关于实验试剂和仪器设备的信息,对于理解到底做了怎样的实验至关重要,但在“方法”部分这些细节常常被遗漏,例如,试剂的浓度、pH值和仪器的参数等等。

在“方法”部分,应确保包括仪器设备的制造商和型号,如流式细胞仪、PCR仪和分光光度计等。对于所有使用的试剂,就算只是细胞培养基、PBS溶液和电泳凝胶,都应注明来源和目录号,或者是实验室自制试剂的简要配方。

5. 抗体

对于抗体,还需要一些细节。除了来源和目录号之外,还应提供克隆号和批号。此外,在“方法”中还需描述抗体的稀释度, 即使其他研究人员需要重新滴定,这也能让他们知道从哪里开始,并有助于解释结果的变化。

在“方法”部分,描述如何对所用抗体进行鉴定和验证也很有帮助。如果基于你的特定实验体系,它们已由制造商进行验证,那么可以简单地引用其网站;但如果是在其他不同的实验体系中使用该抗体,则应描述你是如何确保该抗体在你的实验体系中发挥有效作用的, 例如,是否使用同种型对照来确认抗体在你的细胞中的特异性?对这些方法的准确描述可以向读者展现出你的结果是值得信赖的。

一份检查清单

列一个检查清单,对撰写“材料与方法”部分十分有帮助。
如下是一份基于前文信息的检查清单的例子:

  • 细胞系:来源、目录号、认证,以及支原体检测的结果
  • 动物:物种、品系、年龄、性别、饲养、来源,以及实验结束的方案
  • 植物:来源、物种和品系、培养参数和储存条件
  • 试剂和仪器设备:浓度、来源、目录号、制造商、型号,等等
  • 抗体:目录号、来源、克隆号、批号,以及每种实验体系的稀释度

在“材料与方法”部分包括所有这些细节可能看起来很麻烦——真的有必要在冰箱里翻找抗体的批号吗?会有人真正关心RT-PCR用的是哪种热循环仪吗?然而,这些信息对于任何认真关注并希望参考你的研究结果的人来说都是至关重要的。

俗话说,“细节决定成败”。为了使稿件“材料与方法”部分的撰写更详细完整,也为了防止写论文时甚至论文被拒稿后才发现“材料与方法”部分缺失了很多必要的细节信息,一个小的建议是,从开始做实验时,就把这些必要信息包括在你的实验笔记本中,这样在写论文时,就不再需要重新另花时间去挖掘这些细节。

参考来源:

  1. https://www.nature.com/articles/533452a
  2. https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/C505003#/C505003
  3. https://scicrunch.org/resources
  4. https://www.statnews.com/2016/07/21/studies-wrong-cells/

版权声明:本文节选并翻译自Research Square博客,原文标题Writing for Reproducibility: Crafting Your Methods Section,作者Keri Sheehan。本文由AJE北京办公室负责翻译、改写。中文内容仅供参考,一切内容以英文原版为准。未经授权的翻译是侵权行为,版权方将保留追究法律责任的权利。

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本文发布日期:11/16/2021

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